Wednesday, November 23, 2022
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अधिकांश आर्किया और बैक्टीरिया नामहीन हैं। SeqCode बदल सकता है कि

लीऔर मान लें कि आपने एक नया जीवाणु या आर्किया खोजा है और इसे एक नाम देना चाहते हैं ताकि इसे वर्गीकृत किया जा सके और जीवन के पेड़ की उपयुक्त शाखा पर रखा जा सके। के मुताबिक प्रोकैरियोट्स के सिस्टमैटिक्स पर अंतर्राष्ट्रीय समिति (आईसीएसपी), वैज्ञानिकों का समुदाय जो यह तय करता है कि बैक्टीरिया और अन्य प्रोकैरियोट्स के नामकरण को कैसे संभालना है, प्रोकैरियोट्स के लिए अंतर्राष्ट्रीय नामकरण संहिता (आईसीएनपी) के अनुसार इसे एक नाम देने से पहले आपको कुछ कदम उठाने होंगे। उन चरणों में से प्रमुख आपके नए जीव को सफलतापूर्वक संवर्धन कर रहा है और इसे भंडारण के लिए कम से कम दो अलग-अलग संग्रहों में भेज रहा है, जो अलग-अलग देशों में स्थित होना चाहिए।

दुर्भाग्य से, यह असंभव बना हुआ है विशाल बहुमत पृथ्वी पर प्रोकैरियोटिक जीवन का। अधिकांश ऐसे हैं जिन्हें सूक्ष्म जीवविज्ञानी “भयानक जीव” कहते हैं, जिसका अर्थ है कि उनकी पोषण या पर्यावरणीय आवश्यकताएं जटिल या अत्यंत विशिष्ट हैं, जिससे उन्हें संस्कृति में विकसित करना मुश्किल हो जाता है, यदि असंभव नहीं है। और अगर आपके खोजे गए सूक्ष्म जीव के मामले में ऐसा होता, तो उसे अभी के लिए, ग्रह के तथाकथित माइक्रोबियल डार्क मैटर का एक हिस्सा नामहीन रहना पड़ता। जैसा वैज्ञानिक पहले से रिपोर्ट की गई, असंस्कृत जनता को समायोजित करने के लिए हाल के वर्षों में नामकरण की कई नई प्रणालियाँ सामने आई हैं। उनमें से है सेककोडa . में वर्णित रजिस्ट्री प्रकृति सूक्ष्म जीव विज्ञान इस महीने (19 सितंबर) की शुरुआत में प्रकाशित पेपर, जो सुसंस्कृत नमूनों के बजाय नामकरण प्रकारों (प्रविष्टियों) के आधार के रूप में जीनोम अनुक्रमों का उपयोग करता है।

इस बारे में अधिक जानने के लिए कि ग्रह के असंस्कृत रोगाणुओं का नामकरण इतना आवश्यक क्यों है, वैज्ञानिक अध्ययन सह-लेखक के साथ बात की विलियम व्हिटमैनजॉर्जिया विश्वविद्यालय में एक माइक्रोबायोलॉजिस्ट, जिन्होंने पहली बार 2016 में प्रस्तावित किया था कि ICSP बैक्टीरिया और आर्किया के जीनोम की अनुमति देता है जो कि (अभी तक) सुसंस्कृत नहीं हो सकते हैं और जब उनके प्रस्ताव को वोट दिया गया था, तो इसके बजाय SeqCode पर काम करना शुरू किया। .

वैज्ञानिक: एक सूक्ष्म जीवविज्ञानी के रूप में आपके शोध ने आपको व्यवस्थित और नामकरण में इस रुचि के लिए कैसे प्रेरित किया?

विलियम व्हिटमैन: खैर, मैं इसके लिए एक संपादक रहा हूं बर्गी का मैनुअल, जो लगभग 15 वर्षों से जीवाणुओं का विश्वकोश है। और हमें अक्सर ऐसे जीव मिलते हैं जो वास्तव में जैविक रूप से दिलचस्प थे, [for which] नामकरण—नाम—बदलते रहे, या वे औपचारिक रूप से नामित नहीं थे। इसका कोई मतलब नहीं लग रहा था। उदाहरण के लिए, मैं आर्किया पर अपना शोध करता हूं, और वास्तव में दिलचस्प जीवों का एक समूह है जो सहजीवन हैं जिन्हें नाम नहीं दिया जा सकता क्योंकि उन्हें संस्कृति संग्रह में जमा नहीं किया जा सकता है। जीवों के कुछ प्रमुख समूह जो वास्तव में महत्वपूर्ण भू-रासायनिक परिवर्तन करते हैं, उन्हें वर्तमान नियमों के तहत नामित नहीं किया जा सकता है। यह वास्तव में चीजों को खराब करता है।

टी: क्या आप SeqCode के इतिहास के बारे में कुछ और बात कर सकते हैं और यह परियोजना कहाँ से शुरू हुई?

डब्ल्यूडब्ल्यू: इसलिए, [at] बर्गीज़, हम हर प्रकार के बैक्टीरिया या आर्किया पर एक अध्याय रखने की कोशिश करते हैं। और मैं वास्तव में भयानक जीवों के नामकरण से निराश था, [which] संस्कृति संग्रह में जमा नहीं किया जा सका। और इसलिए, बर्गीज़ में मेरी रुचि के कारण, मैं भी ICSP का सदस्य था। मैं उसी समय के बारे में फ़ास्टिडियस जीवों के लिए प्रकार की सामग्री के रूप में जीनोम का उपयोग करने के विचार के साथ आया था, जब मेटागेनोमिक तकनीक विकसित की गई थी, जहां आप असंस्कृत जीवों से विश्वसनीय जीनोम अनुक्रम प्राप्त कर सकते थे। तो, दो लक्ष्य एक साथ रूपांतरित हो गए। अब केवल पृथक डीएनए से जीनोम प्राप्त करना संभव है।

टी: क्या आप माइक्रोबायोलॉजी में काम कर रहे शोधकर्ताओं को SeqCode की पेशकश के बारे में थोड़ा और बता सकते हैं कि ICNP, जैसा कि यह वर्तमान में संचालित होता है, नहीं कर सकता है? उन्हें एक-दूसरे के खिलाफ खड़ा करने के लिए नहीं, बल्कि मानकों के वैकल्पिक सेट के रूप में।

डब्ल्यूडब्ल्यू: खैर, ICNP के साथ समस्या यह है कि मूल अवधारणा में मौलिक रूप से कुछ भी गलत नहीं है। तो, SeqCode समान विचारों में से कई का उपयोग करता है। उदाहरण के लिए, जैविक नामकरण में, आप कहते हैं, “प्रजाति क्या है?” और वास्तव में, किसी भी कर की प्रजाति, या जीनस, या परिवार की कोई परिभाषा नहीं है। वास्तव में कोई नहीं जानता कि वे क्या हैं। तो, जिस तरह से आप वास्तव में उन्हें परिभाषित करते हैं वह है [saying] एक प्रजाति जीवों का एक समूह है जिसमें प्रजातियों के प्रकार शामिल होते हैं। ICNP में, प्रकार को एक जीव होना चाहिए, जो ठीक है। लेकिन SeqCode में, एक प्रकार एक जीनोम हो सकता है।

यदि आपके पास स्थिर नामकरण नहीं है तो आप डेटाबेस नहीं बना सकते।

इसका लाभ यह है कि सबसे पहले, आपके पास का जीनोम हो सकता है। . . एक तेजतर्रार जीव। दूसरा लाभ यह है कि किसी भी ICNP में, यदि एक संस्कृति संग्रह से जीव का प्रकार खो जाता है, तो आप टैक्सन का नाम नहीं बदल सकते। और यह एक वास्तविक बड़ी समस्या बन गई है, विशेष रूप से भयानक जीवों के लिए, क्योंकि जीवों को संस्कृति संग्रह में रखने की तकनीक सही नहीं है। उदाहरण के लिए, मैंने कुछ लोगों के साथ सल्फेट को कम करने वाले बैक्टीरिया के वर्गीकरण पर काम किया, जो कि अर्धसूत्रीय अवायवीय जीव हैं जो सल्फेट का उपयोग करते हैं जिस तरह से लोग ऑक्सीजन का उपयोग करते हैं, मूल रूप से। जीनोम ज्ञात थे, लेकिन संस्कृति संग्रह ने कुछ उपभेदों को खो दिया था, इसलिए हम जीवों को पुनर्वर्गीकृत नहीं कर सके, भले ही वे स्पष्ट रूप से गलत समूह में थे। अगर आप सोच रहे हैं [over] 10 वर्षों की अवधि में, ICNP समझ में आता है क्योंकि आप संस्कृतियों को 10 वर्षों तक जीवित रख सकते हैं। लेकिन आपको लगता है कि सदियों के लिहाज से ऐसा नहीं होने वाला है। शायद लाखों प्रजातियां हैं; एक लाख प्रजातियों के साथ संस्कृति संग्रह करना बहुत महंगा होगा।

हालाँकि, आपके पास एक मिलियन जीनोम हो सकते हैं। वास्तव में, हमारे पास शायद पहले से ही डेटाबेस में कई हैं। इसलिए, मुझे लगता है कि आईसीएनपी ठीक था। प्रौद्योगिकी 1970 के दशक में विकसित की गई थी, और यह 1970 के दशक के लिए ठीक थी। लेकिन 50 साल हो गए हैं; यह बड़ा होने का समय है।

टी: और यह उस समय का है जब प्रजातियों को के आधार पर वर्गीकृत किया गया था कीमोटैक्सिस [the migration of organisms toward or away from certain compounds], सही? टेक्नोलॉजी काफी आगे बढ़ चुकी है।

डब्ल्यूडब्ल्यू: सही, बिल्कुल।

टी: मैंने महसूस नहीं किया था कि जीवों को वास्तव में संस्कृति में बनाए रखने की आवश्यकता है। मैंने सोचा कि यह सिर्फ इतना है कि क्या उन्हें सुसंस्कृत किया जा सकता है। क्या ऐसा इसलिए है कि उन्हें भविष्य के पुनर्वर्गीकरण के लिए इधर-उधर रखा जा सकता है?

डब्ल्यूडब्ल्यू: हाँ, उन्हें दो अंतरराष्ट्रीय संस्कृति संग्रहों में जमा करना होगा, और इसी तरह। और इसका मतलब है कि उन्हें व्यवहार्य रहना होगा। इसलिए, आमतौर पर, उन्हें जमे हुए या सूखे नमूनों के रूप में संग्रहीत किया जाता है। और इसे और भी कठिन बनाने के लिए, कई देश भारत और ब्राजील और दक्षिण अफ्रीका जैसे अपने देशों से जीवित जीवों के वितरण पर रोक लगाते हैं, मुझे लगता है। और इसका वास्तव में मतलब है कि पृथ्वी पर लगभग एक चौथाई सूक्ष्म जीवविज्ञानी जमा नहीं कर सकते हैं [and therefore] अपने देशों के नए जीवों का नाम नहीं ले सकते, क्योंकि वे वितरित नहीं कर सकते [the microbes] उनके देश के बाहर।

टी: क्या आप इस बारे में थोड़ी बात कर सकते हैं कि SeqCode में नए सबमिशन या प्रविष्टियाँ कैसे काम करती हैं?

डब्ल्यूडब्ल्यू: हम SeqCode रजिस्ट्री बना रहे हैं। बहुत सारी बुनियादी हड्डियाँ बनाई गई हैं, लेकिन यह पूरी तरह से काम नहीं कर रही हैं। हम इसे पूरा करने के लिए फंडिंग की तलाश कर रहे हैं। लेकिन मूल विचार यह है कि अगर मैं एक अध्ययन करता हूं और मैं तय करता हूं कि मुझे एक नई प्रजाति का नाम देना है या जीवों के किसी नए समूह का नाम देना है, तो मैं दो काम करूंगा। एक यह है कि मुझे जीनोम अनुक्रम मिलेगा। और यह एक आइसोलेट हो सकता है या यह एक मेटागेनोम हो सकता है। फिर मैं एक पेपर लिखूंगा जिसे मैं एक जर्नल में जमा कर सकता हूं। और मैं क्या करता हूं कि मैं अनुक्रम को डेटाबेस में जमा करता हूं जैसे GenBank. जब पेपर स्वीकृत हो जाएगा, तब मैं रजिस्ट्री में जाऊंगा, अनुक्रम के लिए परिग्रहण संख्या दर्ज करूंगा, फिर मैं वह नाम दर्ज करूंगा जिसका मैं उपयोग करना चाहता हूं। और फिर, जब प्रभावी प्रकाशन स्वीकार किया जाता है, तो आप डीओआई में प्रवेश करते हैं। और बस।

अगर आप सोच रहे हैं [over] 10 वर्षों की अवधि में, ICNP समझ में आता है क्योंकि आप संस्कृतियों को 10 वर्षों तक जीवित रख सकते हैं। लेकिन आपको लगता है कि सदियों के लिहाज से ऐसा नहीं होने वाला है।

इस रजिस्ट्री में कुछ चेक इन होंगे और, आदर्श रूप से, हमारे पास यथासंभव अधिक से अधिक स्वचालित चेक होंगे। नाम के लिए, इसे कम से कम शुरुआत में मैन्युअल रूप से क्यूरेशन की आवश्यकता होगी, हालांकि हम इसे भी स्वचालित करना चाहते हैं। तो, विचार यह है कि लोग अपना सामान वहां रख सकते हैं और यह रजिस्ट्री में होगा। वे रजिस्ट्री की खोज करने में सक्षम होंगे, यह एनसीबीआई के साथ संगत होने में सक्षम होगा, कहते हैं, [National Center for Biotechnology Information]ताकि नाम तुरंत उनके डेटाबेस में जा सकें।

टी: मैं एनसीबीआई डेटाबेस के साथ ओवरलैप के बारे में पूछने जा रहा था। आप दोनों के बीच नामकरण या नामों में किसी भी टकराव से निपटने की योजना कैसे बनाते हैं?

डब्ल्यूडब्ल्यू: ICNP में कोई भी नाम अपने आप . . . SeqCode द्वारा मान्यता प्राप्त है।

यदि कोई विरोध है—तो अगर मैं SeqCode में एक टैक्सोन का नाम देता हूं, और कोई टैक्सोन को ICNP में नाम देता है—तो जिस व्यक्ति ने इसे पहले नाम दिया है उसकी प्राथमिकता होगी और हम पहले नाम का उपयोग करेंगे। अब, यह प्रजातियों के लिए अच्छा काम करता है; जब हम उच्च-स्तरीय टैक्स पर पहुंचते हैं, तो कुछ नियमों में कुछ अंतर होते हैं। SeqCode परिवारों और आदेशों और उच्च कर की प्राथमिकता का दावा करने के लिए एक अलग नियम का उपयोग करता है। और इसे बातचीत से सुलझा लिया जाएगा। मुझे लगता है कि हमारे नियम ICNP की तुलना में थोड़े अधिक समझदार हैं। और इसलिए हमने इसे बदल दिया।

टी: मुझे पता है कि यह अब वर्षों से काम कर रहा है, लेकिन अब जब आपने इसमें प्रकाशित किया है प्रकृति [Microbiology]अन्य शोधकर्ताओं की क्या प्रतिक्रिया रही है?

डब्ल्यूडब्ल्यू: तुम्हें पता है, यह अभी निकला। मुझे कुछ ईमेल मिले हैं जहां लोगों ने कहा कि उन्हें यह वाकई पसंद आया। लेकिन मुझे शायद ऐसे तीन ईमेल मिले हैं। मुझे नहीं लगता कि लोग वास्तव में इसे नोटिस करते हैं। . . . हम जूते के गिरने का इंतजार कर रहे हैं।

टी: आपने बताया कि अब आप फंडिंग की तलाश में हैं। आपके लिए आगे के रास्ते में और क्या है और SeqCode रजिस्ट्री को धरातल पर उतारना है?

डब्ल्यूडब्ल्यू: मुझे लगता है कि सबसे महत्वपूर्ण बात यह है कि रजिस्ट्री को धरातल पर उतारना और उसे काम करना है। मुझे लगता है कि रजिस्ट्री को चालू करने के लिए हमें धन की आवश्यकता होगी। हमने कई अलग-अलग स्रोतों की खोज की है। मुझे लगता है कि हम इससे पैसे हासिल करने में सक्षम होंगे। लंबे समय में, मुझे लगता है कि इसे वास्तव में स्व-समर्थित होने की आवश्यकता है, जहां नाम दर्ज करने के लिए आपके पास एक छोटा सा शुल्क हो सकता है।

ICNP को अपनी पत्रिका के प्रकाशन से कुछ पैसे मिलते हैं। और SeqCode में कोई जर्नल नहीं होगा, इसलिए इसके पास वास्तव में कोई अन्य फंडिंग स्रोत नहीं है। ऐतिहासिक रूप से, सिस्टमैटिक्स ऐसा विषय नहीं है जिसे एनएसएफ से बहुत सम्मान मिलता है [the National Science Foundation] या एनआईएच [the National Institutes of Health], इसलिए आपके पास फंडिंग के बड़े स्रोत नहीं हैं। अभी हाल तक, ICNP के लिए धन भी न्यूनतम था। लगभग 10 साल पहले तक, इसके पास कोई फंडिंग नहीं थी, और ज्यादातर एक स्वयंसेवी संगठन था। मुझे लगता है, शायद, लंबे समय में, SeqCode के लिए भी यही सच होगा।

टी: मैं कल्पना कर सकता हूं कि यह एक कठिन लड़ाई रही है। जब मैंने फ़ाइला पुनर्वर्गीकरण के बारे में लिखा इस साल के शुरूऐसे शोधकर्ता थे जो इन जीवों का अध्ययन करते थे और उन्हें पता नहीं था कि [name] काम में भी बदलाव थे।

डब्ल्यूडब्ल्यू: यह एक प्रकार का विचित्र है क्योंकि इस व्यवस्थावादी समुदाय में, यह व्यापक रूप से जाना जाता था। और मूल रूप से, यह दर्शाता है कि लोग वास्तव में परवाह नहीं करते हैं। और ऐसे कारण हैं जिनकी उन्हें परवाह नहीं है: क्योंकि जीव विज्ञान ही वास्तव में आकर्षक है, कौन परवाह करता है कि नाम क्या है? लेकिन नाम महत्वपूर्ण है। मेरा मतलब है, मेरा मानना ​​है कि नाम महत्वपूर्ण है। मैं वास्तव में इसकी परवाह करता हूं, लेकिन मुझे इसकी परवाह है क्योंकि मुझे वास्तव में लगता है कि जीव सिर्फ आकर्षक हैं।

मैं इसके बारे में सोच रहा था, और मुझे लगता है कि “नाम महत्वपूर्ण क्यों है?” का यह प्रश्न वास्तव में मौलिक है। और मुझे लगता है कि इसकी उतनी सराहना नहीं की जानी चाहिए जितनी होनी चाहिए। . . . सबसे पहले, यदि आपके पास एक स्थिर नामकरण नहीं है, तो आप एक डेटाबेस नहीं बना सकते। और दूसरी बात यह है कि नाम को परिभाषित करने के लिए प्रकार मौलिक हैं।

जिस तरह से आप वास्तव में जानते हैं कि नाम क्या है [of a new organism] इसका मतलब है कि यदि आपके जीव में एक प्रकार शामिल है या एक प्रकार के समान है। बिल्कुल वैसा ही ई कोलाईआप जानते हैं, E . क्या है?. कोलाई? कोई नहीं जानता। लेकिन अगर आपके पास एक ऐसा जीव है जो इस प्रकार के समान है ई कोलाईआप जिस भी मापदंड का उपयोग करते हैं, तो आपका जीव है ई कोलाई. और यह एक प्रमुख वैज्ञानिक बिंदु है। इसलिए, [defining types is] मामूली बात नहीं।

टी: ICNP में बिना खेती वाले बैक्टीरिया को शामिल करने के आपके प्रस्ताव के इस विकल्प के रूप में SeqCode की शुरुआत कैसे हुई, इस पर वापस जाने के लिए, क्या यह एक एकल एकीकृत कोड की ओर ले जाने का कोई मौका है?

डब्ल्यूडब्ल्यू: मुझे लगता है कि हमारी योजना यह है कि यह होगा। कम से कम हमारा इरादा यह है कि यह एक एकीकृत कोड की ओर ले जाएगा। हम मूल रूप से परिवर्तन करने के लिए ICSB के पास गए, और ICSB के सदस्यों ने इसे अस्वीकार कर दिया। हम चाहते हैं कि यह एक कोड हो। वास्तव में, [SeqCode] बहुत कम उपयोगी है यदि यह केवल असंस्कृत जीवों के लिए है। इसका सबसे अच्छा उपयोग हर चीज के लिए है।

हम एकीकृत करना चाहते हैं, लेकिन यह आईसीएसपी में लोगों की इच्छा पर निर्भर करेगा कि वे इसे होने दें।

टी: और वह निश्चित रूप से कल नहीं होगा।

डब्ल्यूडब्ल्यू: सही। लेकिन यह बहुत लंबा नहीं हो सकता है। आप जानते हैं, वहां के कुछ लोगों ने संकेत दिया है कि उन्हें लगा कि यह दिलचस्प है। और मुझे लगता है कि एक तिहाई ने इसके लिए मतदान किया, जब हमने पहली बार उससे संपर्क किया और जीनोम को प्रकार के रूप में प्राप्त करने का प्रयास किया। इसलिए, दो-तिहाई लोगों ने इसके खिलाफ मतदान किया, लेकिन कुछ लोगों ने इसके लिए मतदान किया।

संपादक का नोट: यह साक्षात्कार संक्षिप्तता के लिए संपादित किया गया है।

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