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यदि एटोपिक जिल्द की सूजन को कम करने वाले उपयोग और सामयिक विरोधी भड़काऊ उपचारों के साथ अपर्याप्त रूप से नियंत्रित किया जाता है, तो सिक्लोस्पोरिन, एज़ैथियोप्रिन और मेथोट्रेक्सेट सहित प्रणालीगत दवाओं का उपयोग मध्यम से गंभीर बीमारी वाले बच्चों के इलाज के लिए किया जा सकता है। हालांकि, बच्चों में प्रणालीगत उपचारों का उपयोग शायद ही कभी किया जाता है क्योंकि प्राकृतिक रोग के पाठ्यक्रम में अक्सर सहज सुधार होता है, और क्योंकि उनके उपयोग के लिए निरंतर रक्त निगरानी की आवश्यकता होती है और यह सहिष्णुता के मुद्दों और मामूली प्रभावकारिता से जुड़ा होता है।
इसके अलावा, बच्चों में मौखिक दवा का उपयोग करना चुनौतीपूर्ण हो सकता है। तदनुसार, ऐसे प्रणालीगत उपचारों की आवश्यकता है जो प्रभावोत्पादक हों और जिनकी सुरक्षा प्रोफ़ाइल अनुकूल हो।